ترتكز الجامعة في نشاطاتها على ستة مبادئ أساسية هي:

1. الجماهيرية: إن الجامعة مفتوحة أمام كل العاملين بالقطاع الفلاحي شريطة الالتزام على مستوى الممارسة بالأهداف التحررية للاتحاد المغربي للشغل وبالقانون الأساسي للجامعة ومقرراتها.
2. الديمقراطية:إن الجامعة كجزء من الاتحاد المغربي للشغل تناضل من أجل فرض احترام الحريات الديمقراطية النقابية والسياسية وتناهض كل أشكال الديمقراطية الشكلية والمزيفة.إن الجامعة تسعى للمساهمة في بناء الديمقراطية الشعبية كديمقراطية شمولية سياسية واقتصادية واجتماعية وثقافية تضمن كافة حقوق الإنسان لكل المواطنين والمواطنات.إن الديمقراطية النقابية هي التي تحكم العلاقات بين سائر المنخرطين وبين مختلف الأجهزة النقابية وهي تضمن لجميع المنخرطين الدفاع عن آرائهم المتعلقة بتنمية وتطوير العمل النقابي وتضمن حق المساواة بين كافة الأعضاء مع اعتبار عطاءاتهم النضالية.
3. الاستقلالية:
   - إن الاتحاد المغربي للشغل، والجامعة كإحدى مكوناته، يعتبر أن الاستقلالية، عن السلطة وإدارتها وعن الباطرونا وعن أي تنظيم سياسي، مبدأ أساسي يميز العمل النقابي الأصيل عن العمل النقابي الذيلي أو المشبوه الذي يسعى إلى استخدام الطبقة العاملة بدل خدمتها.
   - إن الاستقلالية تتماشى وتتكامل مع التعددية الفكرية والسياسية وسط الجامعة حيث لا يمكن داخلها أن يتعرض أي منخرط للضغط أو الإساءة بسبب الآراء التي يدافع عنها خارج المركزية.
   -إن الاستقلالية لا تعني الحياد السياسي، حيث أن الجامعة تخول لنفسها الحق في اتخاذ المواقف السياسية المناسبة عندما يكون ذلك ضروريا للدفاع عن مصالح العاملين بالقطاع الفلاحي.
4. الوحدة النقابية: إنها أهم سلاح بيد الطبقة العاملة للدفاع عن مصالحها ومطامحها بنجاح، لذا فالجامعة تتشبث بالوحدة النقابية وتبذل كافة المجهودات لإعادة بناء وحدة الحركة النقابية بالقطاع الفلاحي. وتبعا لذلك فالجامعة تعتبر التعددية النقابية إحدى أسلحة الرجعيين والانتهازيين لضرب المصالح الحقيقية للطبقة العاملة.
5. التضامن: هو جوهر العمل النقابي، ويعني بالنسبة للجامعة أساسا:
   -التضامن بين كافة العاملين بالقطاع الفلاحي: موظفين ومستخدمين وأعوان وعمال وفلاحين كادحين، رجالا ونساء.
   -التضامن بين العاملين بالقطاع الفلاحي والطلبة المهندسين والتقنيين بمؤسسات التعليم الفلاحي والمعطلين بالقطاع الفلاحي.
   - التضامن بين مأجوري القطاع الفلاحي وباقي الفئات العمالية لتحقيق أهداف الطبقة العاملة ككل.
6. التقدمية:
   - إن الجامعة كجزء من الاتحاد المغربي للشغل منظمة تقدمية تسعى إلى المساهمة في التقدم على المستويات السياسية والاقتصادية والاجتماعية للمجتمع المغربي، وبعبارة أخرى  إلى المساهمة في بناء أسس الديمقراطية الشعبية في أفق بناء المجتمع الذي تصبح فيه الطبقة العاملة سيدة نفسها وينعدم فيه استغلال الإنسان للإنسان.