يحدد القانون الأساسي للجامعة أهدافها كالتالي:

• تنظيم العاملين بالقطاع الفلاحي من موظفين وأعوان ومستخدمين وعمال وفلاحين كادحين وتوحيد كافة منظماتهم النقابية العاملة بإدارات وزارتي الفلاحة والمياه والغابات وبالمؤسسات والشركات العمومية وشبه العمومية والخاصة الفلاحية وبالضيعات والاستغلاليات الفلاحية والغابوية الخاصة والتعاونيات والجمعيات والمنظمات المهنية الفلاحية.
• القيام بكل عمل مشروع للدفاع عن المصالح المادية والمعنوية والمهنية للعاملين بالقطاع الفلاحي، وبصفة خاصة عن طريق الحوار والمفاوضات مع مسؤولي وزارتي الفلاحة والمياه والغابات والمؤسسات والشركات والضيعات والاستغلاليات الفلاحية والغابوية ومع السلطات العمومية بصفة عامة.
• العمل على تعميق الوعي النقابي والحقوقي لدى المنخرطين وعلى تطورهم أخلاقيا وفكريا مهنيا.
• إنشاء مؤسسات للبحث والدراسة والتكوين والنشر هدفها معرفة والتعريف بمشاكل القطاع الفلاحي في أفق تقدمه وتطويره وفقا لمصالح العاملين به.
• المساهمة في القضاء على الأمية وسط العاملين بالقطاع الفلاحي.
• إنشاء وتطوير مؤسسات للخدمات التعاضدية والاجتماعية وبصفة عامة القيام بأي نشاط يؤدي إلى رفاهية وسعادة العاملين بالقطاع الفلاحي.
•  ربط أواصر الصداقة والتعاون مع المنظمات النقابية بالقطاع الفلاحي الشقيقة والصديقة بالبلدان المغاربية والعربية وعلى المستوى الإفريقي والدولي.
• تأسيس روابط التضامن بين كافة المنخرطين وبصفة عامة بين كافة العاملين بالقطاع الفلاحي من أجل الدفاع المشترك عن مصالحهم والتعاون في إطار من التضامن والتآخي مع المنظمات النقابية خارج القطاع الفلاحي المنضوية تحت لواء الاتحاد المغربي للشغل لتحقيق المطالب المشتركة للشغيلة المغربية.